Las academias de la ciudad están divididas en sus propios distritos y se consideran en su mayoría independientes.
El Consejo General de Estudiantes actúa como órgano de gobierno para gestionar las academias en su conjunto. Sin embargo, la capacidad de gobernar del grupo se ha detenido desde la misteriosa desaparición del presidente del Consejo General Estudiantil. En ausencia del liderazgo del presidente, han comenzado a surgir innumerables problemas en todo Kivotos.
Para evitar un desastre, el Consejo General de Estudiantes solicita la ayuda del Club Federal de Investigación, también conocido como Schale. De hecho, Schale es el club más nuevo de la ciudad y el último en ser aprobado antes de la desaparición del presidente.
Para realizar su tarea, Schale cuenta con la guía de un Sensei que puede ayudarlos a resolver los incidentes alrededor de Kivotos.
(¡Los estudiantes deben portar armas personales y teléfonos inteligentes! ¡Pruebe la acción militar, el amor y la amistad que Ciudad Academia tiene para ofrecer!)
(Fuente: Sitio web oficial en inglés de Blue Archive)